Tấn Nguyên Đế tên thật là Tư Mã Duệ (司馬睿) (276-323). Ông là dõng dõi tôn thất nhà Tấn, con của Lang Nha Cung vương Tư Mã Cận với Lang Nha vương phi Hạ Hầu Quang Cơ, anh Đông An công Tư Mã Do. Xét theo phả hệ dòng họ Tư Mã thì ông là em họ của Tấn Huệ Đế Tư Mã Trung, do Tư Mã Ý là cụ nội, còn ông nội ông là Tư Mã Trụ (司馬伷), em trai của Tư Mã Chiêu.